医療脱毛ができるのは、リゼクリニックなどの医療機関だけです。使うのはレーザーで、レーザーを毛根の黒色（メラニン色素）に照射して熱を帯びさせて破壊することでそこから毛が生えてこないようにします。
エステサロンなどで行われている光脱毛に比べて効果が高いですが、痛みが強いと言われています。どれくらいの痛みかというと、よく表現で使われるのは「輪ゴムでパチンと弾いたときくらいの痛み」です。痛みの感じ方は個人差があるので痛くて我慢できなかったという人もいれば、大して痛くなかったという人もいます。
また、部位や使うレーザー機によって痛みの程度は異なります。一番痛いと言われているのがデリケートゾーンのVIOラインです。VIOの部位の毛は太くて濃く、粘膜もあるのでデリケートなため痛みを強く感じやすいです。他には、脇やひざ下、顔など脂肪が少ないところも痛みを感じやすくなっています。
レーザー機による痛みの違いでは、熱破壊によって毛根を壊す方式のものよりも蓄熱式でバルジという発毛因子を破壊して脱毛する方式のものの方が痛みが少ないです。また、冷却システムが搭載されているものだと、痛みを感じにくくなっています。

医療脱毛レーザーと美容光脱毛の効果の違い

美容光脱毛は、医療レーザー脱毛と同じように毛根に含まれているメラニン色素の黒色に光を反応させることによって毛根にダメージを与えます。医療レーザー脱毛は医療行為なので毛根を破壊していますが、美容光脱毛の方は医療行為ではないので毛根を完全に破壊することはできません。そのため、毛が生えてきづらくする施術ということで除毛や減毛効果で満足できる人向きです。
美容光脱毛ではエステで使われるIPL（インテンス・パルス・ライト）というフラッシュに似た光を使うので、これにより肌のキメが細かくなる効果が期待できます。また、コラーゲンが生成されてキメとハリのある肌に導いてくれる可能性があります。
永久脱毛効果を狙って全身脱毛をするをするのであれば、医療レーザー脱毛の方が効果は高いです。ただし、1回あたりの料金で見ると美容光脱毛に比べてレーザーを使う脱毛は高くなります。ただし、光を使う脱毛に比べて3分の1程度の短い期間で脱毛施術が完了するので、最終的な金額では同じか、もしくは医療レーザー脱毛の方が安くなる可能性もあります。医療機関で行う場合は麻酔などで痛みを緩和したり、万が一トラブルがあった時に医師がすぐに対処してくれるという違いもあります。